Перед добавлением номеров страниц в PDF решите, считать ли обложку первой страницей
Как при добавлении номеров страниц в PDF пропустить обложку, задать начальный номер и положение нумерации? На конкретных примерах разберитесь в различиях между порядком страниц в файле и видимыми номерами, а также проверьте наложение на старые номера, нумерацию в конце документа и учтите, что оглавление не обновляется автоматически.